Le juge de l'application des peines est un magistrat spécialisé du tribunal de grande instance. Il ou elle fixe les modalités d’applications des peines et leur bonne exécution. Il peut s’agir de peines privatives de liberté (prison) ou restrictives de liberté (travail d’intérêt général, suivi socio-éducatif...).
Le JAP statue, le plus souvent, après avis d'une commission dite de l'application des peines qu'il préside et à laquelle siège également le procureur de la République et le chef d'établissement pénitentiaire.
Le juge d’application des peines travaille en étroite relation avec le service pénitentiaire d'insertion et de probation (SPIP) de l'administration pénitentiaire, service qui assure le contrôle et le suivi des personnes placées sous-main de justice.
Le juge d’application des peines peut intervenir en milieu fermé ou ouvert. En milieu fermé, c’est-à-dire lorsque la personne est emprisonnée, il ou elle peut procéder à des réductions ou des aménagements de peine pour bonne conduite. En milieu ouvert, c’est à dire lorsque la personne n’est pas emprisonnée, il est chargé de suivre et de contrôler la personne condamnée dans l'exécution de sa peine.