Auxiliaire de justice, c’est toujours à la demande d’une autorité judiciaire que le médecin légiste agit en tant que spécialiste de médecine légale : parquet, juge d’instruction, magistrat du siège (tribunal correctionnel, tribunal de police, tribunal civil). Son travail consiste à fournir aux magistrats des informations qui demandent des compétences médicales suite à un décès, un accident, une maladie, une opération, ou toute autre circonstance ayant occasionné des dommages corporels.
En cas de décès d'origine suspecte ou criminelle, de décès sur la voie publique, de corps non identifié, le médecin légiste procède à une autopsie du corps et si nécessaire à des examens complémentaires (examens toxicologique, biologique ou chimique..). Objectif : déterminer les voies et moyens ayant provoqué un décès suspect et, si possible, la date et l’heure du décès. Il utilise pour ce faire toute une série d'instruments (bistouri, scie, pince, écarteur, microscope…) pour ouvrir et examiner partiellement ou entièrement un cadavre.
Mais le médecin légiste n'intervient pas que sur des personnes décédées même si cette activité occupe à peu près le tiers de son temps. Il est aussi sollicité pour examiner les personnes qui ont subi des agressions (viols, coups et blessures , constatation des blessures et des atteintes sexuelles) et déterminer l'incapacité totale de travail. Il procède à l'examen médical des personnes interpellées afin de s'assurer que leur état est compatible avec une éventuelle mesure de garde à vue. Spécialiste du droit de la santé, le médecin légiste réalise également des expertises médicales pour le compte de la justice ou des assurances.
Dans tous les cas, le médecin légiste coopère étroitement avec le monde judiciaire (policiers, magistrats, experts judiciaires).
Une fois, l'autopsie et examens réalisés, le médecin légiste procède à la rédaction de son rapport.
Parfois, le médecin légiste est appelé en qualité d'expert pour témoigner au tribunal.
Le médecin légiste est affecté dans une unité médico-légale (UMJ). Il peut être également appelé à se déplacer sur la scène d’un crime ou d’une agression. Il est soumis à astreintes pour assurer la continuité de service.
Comme tous les métiers en relation avec la mort et la violence, un bon équilibre nerveux et mental est évidemment requis pour exercer ce métier.